Vodní prostředí obývá pestrá škála bezobratlých živočichů různých živočišných kmenů. V tekoucích i stojatých vodách se vyskytuje bezpočet různých „červů“. Jedná se o zástupce kmenů ploštěnci a kroužkovci jako jsou ploštěnky, pijavice nebo nitěnky. Na dně vod žijí výhradně všichni naši mlži, hojná je škeble říční a také část našich plžů například plovatka bahenní. Z korýšů se ve vodách často i masově vyskytují drobní zástupci jako perloočky, buchanky, blešivci a berušky. Ke korýšům se též řadí naši největší bezobratlí vodní živočichové, kterými jsou raci. V čistých vodách žije rak říční a ve vodách i méně čistých nepůvodní rak bahenní. Ve vodě také prodělávají svůj životní cyklus larvy a nymfy mnohého hmyzu zejména jepic, vážek, chrostíků a komárů. Také jejich dospělá stádia se vyskytují často poblíž vod. Další hmyz se adaptoval na život ve vodě i v dospělosti. Jsou to zejména některé ploštice - znakoplavka obecná, vodoměrka štíhlá a brouci - potápník vroubený a vodomil černý.
Ryby jsou jediní naši obratlovci, kteří jsou po celý život vázáni na vodu. Z méně častých se hlavně v řece Brtnici vyskytují ouklejka pruhovaná a mřenka mramorovaná. V době rozmnožování jsou na vodních plochách závislí také obojživelníci. Ve stojatých vodách okolí Kněžic se rozmnožují například tři druhy z našich čolků - obecný, velký a horský, a z žab například skokan krátkonohý nebo blatnice skvrnitá. Z plazů v blízkosti vod pobývají zejména zástupci našich užovek, běžná je zejména užovka obojková. Významnou složkou živočišného společenstva v okolí vod je vodní ptactvo. Téměř na každé vodní hladině můžeme spatřit kachnu divokou a lysku černou. Běžně se také vyskytují další kachny: polák chocholačka a polák velký a také nejhojnější potápky - roháč a malá. Z brodivých ptáků není vzácností se setkat s volavkou popelavou nebo čápem bílým. Z břehových porostů se často ozývají pěvci - strnad rákosní, cvrčilka říční nebo některý z našich rákosníků. Ze savců se u vod vyskytují například rejsec vodní nebo ondatra pižmová.